In 2003 begon de Marikenloop met een eerste editie door de wijk en het park Brakkenstein. De afstanden waren ook toen al 5 en 10 kilometer. Het parcours verschilde echter zeer van het parcours dat de loopsters dit jaar afleggen. Ook in 2003 was het kloppend hart het toen net opgeleverde Universitair Sportcentrum Gymnasion, met alle moderne faciliteiten. Aan de eerste editie deden 1448 loopsters mee. Twee Nijmeegse loopsters, Miranda Boonstra (1e) en Susan Kuijken (3e) vielen in de prijzen op de 5km. De 10km werd een prooi voor Marleen van der Graaff.
De tweede editie telde al bijna 2000 loopsters. Het parcours in het park was verlaten voor het prachtige lentegroene parcours door de wijk Brakkenstein en het Heumensoord. Vivian Ruijters (5km) en Pauline Claessen (van het eigen Seven Hills Running Team) waren de winnaressen.
In 2005 kende het deelnemersaantal een flinke groei. Via 3819 deelneemsters in 2005, stonden er in mei 2006 maar liefst 5662 loopsters aan de start. In deze periode werd ook begonnen met het inrichten van een heuse sportmarkt, die door de loopsters druk bezocht werd. In 2005 kende de Marikenloop ook haar eerste buitenlandse winnares in de persoon van Doris Changeywo uit Kenia. Zij liep ook de tot dusver snelste tijd in de historie van de Marikenloop: 16.23 min. Een jaar later was Miranda Boonstra weer terug in haar eigen Nijmegen om de Marikenloop op haar naam te schrijven.
In 2007 werd voor het eerst de grens van 7000 loopsters overschreden en ook in 2008 zette die opgaande lijn voort. Met weer een buitenlandse winnares (Juanee Cilliers) en Jacqueline Rustidge die in beide jaren de 10km wist te winnen, had het podium weer een goede bezetting.
Voor deze editie hadden zich ruim 9000 vrouwen ingeschreven en de weergoden waren de “ladies” goed gezind. Dit jaar is er gekozen voor een nieuw “goed doel”, een doel dat ook in 2010 gecontinueerd wordt: “Because I’m a girl”, de campagne van Plan Nederland die opkomt voor meisjes wereldwijd, mocht een cheque in ontvangst nemen. De mooie roze shirts werden door de vele loopsters ook met trots gedragen, met als opdruk: “I run because I am a girl”. De winnaressen van de laatste edities waren Ezbe Strydom(Zuid Afrika) en Corinne Spaans op resp. 5 en 10 kilometer.
De editie van 2010 werd een gedenkwaardige met een heuse wereldtopper aan de start. Meervoudig wereldkampioen en recordhoudster Lornah Kiplagat benutte de Marikenloop om haar rentree te maken in het wegcircuit na een lange blessuretijd. Zij won de wedstrijd in een nieuw parcoursrecord van 15.56 minuten. Kiplagat had een ruime voorsprong op Miranda Boonstra en Gladys Kipsoi die in respectievelijk 16.18 en 16.20 minuten het podium completeerden. De 10km werd gewonnen door Marlies Overbeeke in een tijd van 36.19 minuten. De sportmarkt was groter dan ooit met verschillende kramen die o.a. ook fruit, Marikenbroden en bloemen verkochten. De bedrijvenloop was (wederom) een prooi voor Politie Nederland.
Op 15 mei 2011 werd Miranda Boonstra voor de derde keer in de geschiedenis de winnares van de 5km, op een tweede plek gevolgd door Heleen Plaatzer. Marije te Raa maakte het podium compleet. De bedrijvenloop kende een recordaantal teams, maar liefst 181 teams komen in de uitslag voor. De sportmarkt was gezellig en nieuw was het kinderplein waar veel te doen was voor de jongste supportertjes.
De tiende editie was een hele speciale: vanwege het jubileum trakteerde de organisatie alle loopsters op een gratis startbewijs. Dit had tot gevolg dat er een recordaantal loopsters van 12.358 loopsters aan de start. Het was een zeer warme editie en supersnelle tijden zaten er over het algemeen niet in. Ruth van der Meijden was de sterkste op de vijf kilometer en verwees Merel de Knegt en Miranda Boonstra naar het tweede en derde plan. Voor Jacqueline Rustidge was er een dubbele triomf: zij schreef niet alleen de tien kilometer op haar naam, maar wist met haar team van Politie Nederland ook nog eens de Bedrijvenloop te winnen.
In 2013 kwam Susan Kuijken in een recordtijd over de streep. Zij verpulverde het parcoursrecord van Lornah Kiplagat. Met 15.43 was ze maar liefst 13 seconden sneller dan Kiplagat. Ruth van der Meijden werd tweede, gevolgd door Kim Dillen. Drievoudig winnares Miranda Boonstra werd vijfde na een periode vol blessureleed. Op de tien kilometer ging de winst naar Laurey van den Berge. De omstandigheden voor de loopsters waren vrijwel ideaal, alleen tijdens de warming-up van de tien kilometer (wederom onder leiding van Annamarie Thomas) viel er regen. Toch kon het de pret niet drukken, de sfeer was onveranderd goed. Het nieuwe goede doel van de Marikenloop, KiKa was ook aanwezig om een cheque van ruim € 16.000,- in ontvangst te nemen.
De Marikenloop kende een mooi veld van Nederlandse toploopsters, van wie Ruth van der Meijden de snelste was. Zij won deze warme editie vóór Jamie van Lieshout en Sabine van de Reijt. Op de 10 kilometer was duatlete Joyce Vrijenhoek als eerste terug aan de finish. Toptijden werden er niet gelopen, daarvoor waren de omstandigheden wellicht iets te warm. De sportmarkt had een metamorfose ondergaan en was groter én gezelliger dan ooit tevoren. Veel muziekoptredens droegen ook bij aan een opperbeste stemming. Mirella van Markus nam, namens KiKa de checque voor het goede doel in ontvangst en liep zelf ook mee.
In 2015 kende een podium met twee loopsters van Cifla uit Nijmegen, op het podium: Irene van Lieshout was de snelste, Jamie van Lieshout (ook Cifla) werd derde en de Eindhovense Kim Dillen maakte het podium compleet. Op de 10 kilometer was Pauline Claessen terug van weggeweest. De houdster van het parcoursrecord was deels tot haar eigen verbazing als eerste van alle loopsters terug aan de finish. De MarikenloopExpo was weer een stukje groter én gezelliger dan het jaar ervoor.
De editie van 2016 had te maken met slechte weersvoorspellingen. Op de dag zelf viel het mee, pas tijdens de startprocedure van de 10 km begon het te regenen. Voor de loopsters waren de omstandigheden wel gunstig, gezien de snelle tijden die gelopen werden. Ruth van der Meijden won in de derde tijd ooit, ook Irene van Lieshout was sneller dan ooit bij de Marikenloop en voor Mariska Dute was er een dik persoonlijk record. De MarikenloopExpo had dit jaar een uitgebreid podiumprogramma met o.a. muziek, paaldansen, hoela hoep en een sportmodeshow.
In het jubileumjaar (15e editie) ging het roer volledig om, de Marikenloop werd het eerste hardloopfestival voor vrouwen. Marikenloop at the park kende een nieuwe locatie met veel activiteiten naast het hardlopen. Er was een shopping zone, een foodtruckzone, massagetenten en worskshops waar de deelneemsters (maar ook supporters) nieuwe sporten konden uitproberen. Op het grote podium zorgden de Crazy Pianos voor muzikaal entertainment en maakten er een mooi feest van. Maar natuurlijk werd er ook hardgelopen, vooral door de top 3 op de 5 km. Ruth van der Meijden sleepte haar vierde titel in de wacht, Irene van Lieshout werd tweede en Kim Dillen eiste het brons voor zich op.
Deze editie kende voor het eerst sinds jaren een winnares van buiten de landsgrenzen. Nina Lauwaert bekroonde een sterk optreden met een overwinning op de 5km. Ze moest op de laatste meters viervoudig winnares Ruth van der Meijden van zich af te houden. Het festival trok vele duizenden bezoekers waar bij het Glazen Marikenhuis een belangrijke trekpleister was. Miranda Boonstra, in het verleden veelvoudig winnares, was nu veel te sterk voor de overige deelneemsters op de tien kilometer.
Dit was het jaar waarin voor het eerst de mannen ook mochten deelnemen. Op zaterdagmiddag tijdens de Trail edition, die met ruim 2500 lopers en loopsters een vliegende start kende. Op zaterdagavond een Men's edition over 5 en 10 kilometer. De zondag was traditiegetrouw voor de vrouwen die de keus hadden uit drie afstanden. Susan Krumins was de glorieuze winnares. Op zondagochtendwas er de KION Kinderloop voor alle kinderen van de basisschool die in de carrousel een bijzondere ervaring hadden.